Organizacja urzędu celno-skarbowego została określona regulaminem nadanym przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Kielcach na podstawie Zarządzenia Ministra Finansów z dnia 5 lutego 2019 r.
w sprawie organizacji Krajowej Informacji Skarbowej, izby administracji skarbowej, urzędu skarbowego, urzędu celno-skarbowego i Krajowej Szkoły Skarbowości oraz nadania im statutów.
Na czele urzędu stoi Naczelnik powoływany i odwoływany z tej funkcji przez Szefa Krajowej Administracji Skarbowej na wniosek Dyrektora Izby Administracji Skarbowej.
Naczelnik kieruje pracą urzędu za pośrednictwem Zastępców, których powołuje i odwołuje Dyrektor Izby Administracji Skarbowej na wniosek Naczelnika urzędu.
Szczegółowe kompetencje przypisane do określonych funkcji znajdujących się w strukturze organizacyjnej urzędu skarbowego określa regulamin organizacyjny.
