Na podstawie art. 33 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej do zadań naczelnika urzędu celno-skarbowego należy:

1. wykonywanie kontroli celno-skarbowej, z wyłączeniem kontroli, o której mowa w art. 54 ust. 2 pkt 9;
2. ustalanie i określanie podatków, opłat i niepodatkowych należności budżetowych oraz innych należności na podstawie odrębnych przepisów;
3. rozstrzyganie w drugiej instancji w sprawach, o których mowa w art. 83 ust. 1;
4. prowadzenie urzędowego sprawdzenia;
5. obejmowanie towarów procedurami celnymi oraz wykonywanie innych czynności przewidzianych przepisami prawa celnego;
6. wymiar należności celnych i podatkowych oraz innych opłat, związanych z przywozem i wywozem towarów;
7. prowadzenie w pierwszej instancji postępowań w sprawach celnych przewidzianych przepisami prawa celnego oraz w sprawach podatkowych związanych z przywozem lub wywozem towarów;
8. rozpoznawanie, wykrywanie i zwalczanie przestępstw skarbowych i wykroczeń skarbowych, zapobieganie tym przestępstwom i wykroczeniom oraz ściganie ich sprawców, w zakresie określonym w Kodeksie karnym skarbowym;
9. rozpoznawanie, wykrywanie i zwalczanie przestępstw określonych w ustawie z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości, zapobieganie tym przestępstwom oraz ściganie ich sprawców;
10. rozpoznawanie, wykrywanie i zwalczanie przestępstw i wykroczeń określonych w:

• art. 53 ustawy z dnia 14 lipca 1983 r. o narodowym zasobie archiwalnym i archiwach,
• art. 116–118 ustawy z dnia 4 lutego 1994 r. o prawie autorskim i prawach pokrewnych,
• art. 183 § 2 i 4–6, w przypadku czynów, o których mowa w art. 183 § 2, 4 i 5 Kodeksu karnego,
• art. 244 Kodeksu karnego, w zakresie niestosowania się do zakazu wstępu do ośrodków gier i uczestnictwa w grach hazardowych,
• art. 305 ustawy z dnia 30 czerwca 2000 r. – Prawo własności przemysłowej,
• art. 33 ust. 1, 2 i 3 ustawy z dnia 29 listopada 2000 r. o obrocie z zagranicą towarami, technologiami i usługami o znaczeniu strategicznym dla bezpieczeństwa państwa, a także dla utrzymania międzynarodowego pokoju i bezpieczeństwa,
• art. 12a, art. 13 i art. 14 ustawy z dnia 2 marca 2001 r. o wyrobie alkoholu etylowego oraz wytwarzaniu wyrobów tytoniowych,
• art. 109 ustawy z dnia 23 lipca 2003 r. o ochronie zabytków i opiece nad zabytkami,
• art. 128, art. 131 pkt 4 w zakresie, o którym mowa w art. 73 ust. 1 pkt 2, oraz art. 131 pkt 10 i 14 ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody,
• art. 55, art. 57, art. 61 i art. 66 ustawy z dnia 29 lipca 2005 r. o przeciwdziałaniu narkomanii
• art. 41, art. 43 i art. 44 ustawy z dnia 18 października 2006 r. o wyrobie napojów spirytusowych oraz o rejestracji i ochronie oznaczeń geograficznych napojów spirytusowych
• art. 12 ustawy z dnia 13 kwietnia 2016 r. o bezpieczeństwie obrotu prekursorami materiałów wybuchowych – oraz zapobieganie tym przestępstwom i wykroczeniom, a także ściganie ich sprawców, jeżeli zostały ujawnione przez Służbę Celno-Skarbową;

   11. realizacja zadań, o których mowa w art. 2 ust. 1 pkt 15;
   12. wykonywanie czynności, o których mowa w art. 113–117, art. 118 ust. 1–17, art. 120 ust. 1–6, art. 122–126, art. 127 ust. 1–5, art. 128 ust. 1, art. 131 ust. 2 i 5 i art. 133;
   13. współpraca w zakresie wymiany informacji podatkowych, celnych i finansowych z państwami członkowskimi Unii Europejskiej oraz z państwami trzecimi określonych przepisami prawa międzynarodowego;
   14. prowadzenie działalności analitycznej, prognostycznej i badawczej oraz analizy ryzyka dotyczącej zjawisk występujących w obszarze jego właściwości;
   15. zapewnianie ochrony fizycznej i technicznej osobom zatrudnionym w jednostkach organizacyjnych KAS oraz funkcjonariuszom, a w uzasadnionych przypadkach także innym osobom, organom i instytucjom państwowym;
   16. wykonywanie innych zadań określonych w odrębnych przepisach.
Naczelnik urzędu celno-skarbowego wykonuje swoje zadania przy pomocy urzędu celno-skarbowego.