Sprawy w Izbie Administracji Skarbowej załatwiane są na bieżąco, zgodnie z procedurami i w terminach określonych przepisami prawa.
Przepisy art. 293 Ordynacji podatkowej stanowią, iż indywidualne dane zawarte w deklaracjach oraz innych dokumentach składanych przez podatników, płatników lub inkasentów objęte są tajemnicą skarbową, tym samym zabraniają pokazywania jakichkolwiek informacji o konkretnych sprawach, prowadzonych wobec konkretnych podatników, w tym również na jakim etapie znajduje się rozpatrywana sprawa (odwołanie, zażalenie itp.).
Specyfika zadań Izby Administracji Skarbowej sprawia, że sprawy objęte tajemnicą skarbową stanowią przeważającą większość działań prowadzonych przez Izbę.
W sprawach indywidualnych uprawnione podmioty mogą zasięgnąć informacji stawiając się osobiście w siedzibie Izby Administracji Skarbowej.
W Izbie przyjmowanie korespondencji z zewnątrz oraz umieszczanie na niej daty wpływu należy do obowiązków pracowników kancelarii. Wyjątek stanowią procedury określone w przepisach ustawy z dnia 5 sierpnia 2010 r. o ochronie informacji niejawnych.
Ponadto, gdy wymaga tego charakter sprawy lub sposób jej załatwienia, do odbioru i ewidencjonowania korespondencji mogą być upoważnieni inni pracownicy, w szczególności na stanowiskach operacyjnych obsługujących podatników w urzędach skarbowych. W takim przypadku, upoważniony pracownik, po potwierdzeniu odbioru na kopii dokumentu, zobowiązany jest niezwłocznie przekazać go do kancelarii, w celu umieszczenia na nim pieczęci wpływu.
Korespondencję kierowaną do dyrektora izby kancelaria przekazuje do sekretariatu dyrektora. Pozostałe pisma również są ponownie ewidencjonowane w odpowiednich rejestrach oraz przekazywane, zgodnie ze strukturą organizacyjną izby, do dekretacji i akceptacji właściwym komórkom merytorycznym. Dekretujący pisma umieszczają obok pieczęci wpływu nazwiska pracowników, którym zostanie przydzielona wpływająca korespondencja do załatwienia. Kierownicy komórek organizacyjnych na bieżąco weryfikują terminowość spraw załatwianych w komórkach. Dokumentacja spraw załatwionych przechowywana jest w postaci papierowej oraz częściowo w postaci zapisu elektronicznego.
